Muslingefiskeri med skrabemetoden frigiver store mængder fosfor fra bunden og er herved kraftigt medvirkende til de store algeopblomstringer, som senere giver iltsvind.
Havbiolog Gunni Ærtebjerg, tidl. senior-rådgiver og ansvarlig for iltsvindsrapporterne ved Danmarks Miljøundersøgelser siger således:
Fytoplanktonets forårsopblomstring, som finder sted i marts, når lysindstrålingen bliver tilstrækkelig høj til vækst, er i fjordene fosforbegrænset, fordi fosfor er bundet til iltet jern (ferri-jern) i havbunden på dette tidspunkt. Men så snart temperatur og iltforbrug stiger, reduceres ferri-jern til ferro-jern, og fosfor frigives i store mængder, og kvælstof bliver begrænsende sommer og efterår. Jo mindre bufferkapasitet, jo hurtigere sker skiftet fra fosforbegrænsning til kvælstofbegrænsning. Hvis muslingeskrabs frigivelse af fosfor på niveau med ekstern tilførsel finder sted om vinteren og frem til marts-april, vil det medføre en langt større forårsopblomstring af planktonalger og dermed iltforbrug til nedbrydning end uden muslingeskrab, og kan medføre iltsvind allerede om foråret, som det meget ofte er set i Limfjorden, hvor iltsvind ellers bør være et sensommer-efterårsfænomen. Dette er faktisk et rigtig vigtigt argument mod muslingeskrab vinter-forår
I rapporten Impacts of mussel dredging on sediment phosphorus dynamics in a eutrophic Danish fjord skrevet af Marianne Holmer; Nick Ahrensberg; Niels Peter Jørgensen og publiceret i Chemistry and Ecology i 2003 er konklusionen:
Frigivelsen af fosfor på grund af muslingeskrab blev skønnet til at være i samme størrelsesorden som den årlige udledning fra oplandet og punktkilder til Limfjorden.
Hertil skal lægges påvirkninger fra bundtrawl og østersskrabning.